Nel 1656 il Regno di Napoli fu colpito dalla peste bubbonica, che decimò le monache ospitate nel Monastero tranne tre suore che morirono poi di vecchiaia provocando la chiusura della struttura. Nel 1700, su forti spinte dell’Università e del Clero di Eboli furono ospitate  nel monastero due monache benedettine provenienti dalla provincia: la “comunità” si incrementò fino a raggiungere  le trenta consorelle.